2011年2月18日最高人民法院审判委员会通过了关于修改《民事案件案由规定》的决定，将民事诉讼中的案由规定为4级424条。而随着我国物权法的制定和物权保护意识的提高，物权保护纠纷也被列为了物权纠纷之下的二级案由。但应当说明的是，物权保护纠纷是基于保护方式即责任方式而设定的案由，与《民事案件案由规定》按照法律关系确定案由的一般原则不一致。因此，物权保护纠纷单独列为物权纠纷下的第二级案由后，必须带来两方面的冲突：一是物权保护纠纷与物权纠纷下其他案由重合较多；二是物权保护纠纷与债权纠纷下的案由特?e是和合同纠纷、侵权纠纷、不当得利返还、无因管理纠纷有较多的重合。
一、物权保护纠纷与下级案由之间的冲突
案例一：最近我院受理的中洲渔场物权保护纠纷案件，原告在起诉状中称：甲将渔场承包给了被告，并约定了承包期限，事后甲又将渔场卖给了原告，并约定待被告承包期满后再交付渔池。承包期满后原告要求被告交付渔池时，被告却一直强占渔池不肯退出，导致案件后来起诉到了本院。因为在起诉的时候我们不可能进入实体审查程序，凭借的只是原告的“一面之词”来定性案由，因此，我们也只是凭借原告的起诉状和提交的相关证据来讨论此次案由的定性，当时定性为物权保护纠纷。
如果我们根据原告的起诉状仔细思考一下，就能发现对案由似乎存在更为合理的定性。《物权法》第三十四条规定“无权占有不动产或者动产的，权利人可以请求返还原物。”这是物权法中关于返还原物纠纷最直接的规定。而返还原物纠纷也是我国《民事案件案由规定》中物权保护纠纷下的第三级案由，其是指权利人请求无权占有不动产或者动产的人返还该物的纠纷，并且适用这一案由的前提是原财产仍然存在。返还原物的权利人是财产的所有人或者合法占有人、使用人，其权利主张对象只能是非法占有人。细看这个案件，被告虽然当初占有渔池是基于合同的约定，属合法占有、使用，但当合同期满后，其已经失去了继续占有的基础。而原告则是从甲方手中合法购买了该渔池，就目前的权利状况来看，原告是渔池的合法所有人，在无其他权利制约的情况下，其有权要求被告退出渔池。因此，其要求被告退出渔池的诉讼我们不能简单定性为物权保护纠纷，而可以向第三级的案由思虑，定性为返还原物纠纷为宜。
可以说，物权保护纠纷是一个兜底性案由，由于我国对民事案件案由采取的是级别式的规定，这就导致了上下级案由之间的冲突必然存在。在具体适用过程中，往往能够确定为更具体的案由，却因各种情况而笼统地定性为上级案由，如本可以定性为返还原物纠纷的案件而定性为物权保护纠纷。虽然我们不能说将之定性为物权保护纠纷有何错误之处，因为它们之间本来就存在着种属关系，但既然最高人民法院审判委员会在物权保护纠纷下设定了更为详细的案由，那么我们在具体适用过程中，就应当优先选用更符合案情、更能传达案件梗概的案由。
二、物权保护纠纷与其他纠纷之间的冲突
案例二：我院今年受理的城关镇白羊水库物权保护纠纷一案，原告城关镇人民政府与被告签订了渔池承包合同，将白羊水库承包给被告，约定了承包期为三年。三年期满后，原告要求收回渔池，但被告却以各种理由推托不肯交出水库，于是原告将被告起诉到了我院，案件也是定性为物权保护纠纷。
但是仔细推敲，就会发现案由尚有可供商榷之处，就物权保护纠纷案由与合同纠纷案由的适用问题，最高人民法院研究室负责人在2008年3月4日发布的《民事案件案由规定》答记者问中指出：“按照物权变动原因与结果相区分的原则，对于涉及物权变动（物权设立、变更、转移、消灭）的原因关系，即债权性质的合同关系产生的纠纷，应适用债务纠纷部分的案由，如物权设立方面的担保合同纠纷，物权转移方面的买卖合同纠纷。对于因物权成立、归属、效力、使用、收益等物权关系产生的纠纷，则应适用物权纠纷部分的案由，如担保物权纠纷。对于涉及物权变动的结果关系，如物权设定后发生的物权之间、物权与其他权利之间的冲突等有关纠纷时，则应适用物权纠纷部分的案由。”举例说明：甲乙签订了房屋买卖合同，甲将一套房子卖给了乙，如果双方就合同约定的具体事项如价款问题、交房问题等发生争议，此时属于涉及房屋所有权变更的原因关系即买卖合同所产生的纠纷，应当适用买卖合同纠纷案由。如果甲乙签订了房屋买卖合同之后，甲得知房子要征收而拒绝进行房产变更登记，则此时属于因房屋所有权归属问题而发生的物权纠纷，应当适用物权纠纷案由部分的所有权确认纠纷。而如果是甲在将房子卖给乙之前已经承租给了丙，丙的租期已满，乙要求丙腾房而丙拒不交房时，此时属于乙的物权成立后与其他权利之间的冲突，乙可以以物权纠纷案由部分的返还原物纠纷起诉丙。
本案中，被告之所以占有、使用白羊水库，是因为原被告之间存在着水库的承包合同，被告基于合同的约定进行占有、使用，是合法的权利人。但合同期满后，被告应当履行交还水库的义务，这义务的出发点也是基于合同约定，而当被告不按约定履行这一义务时，就是对合同的一种违约，此时属于上面所述的涉及物权变动的原因关系即渔池承包合同所产生的纠纷，因此，应当定性为合同案由部分的渔业承包合同纠纷较为恰当。
从实际适用来看，物权保护纠纷方面的案件正逐年增多，但正如上所述，物权保护纠纷这一案由不能随意而定，只有在物权纠纷下的其他案由和物权纠纷之外的其他案由都不能适用时，我们才能够以物权保护纠纷定案。